Органски и неоргански пигменти се разликују на основу њиховог порекла и хемијских својстава.
Извор: Органски пигменти се екстрахују или синтетишу из животиња, биљака, минерала или вештачки синтетизованих органских једињења. Неоргански пигменти се екстрахују или синтетишу из руда, минерала или синтетичких неорганских једињења.
Хемијска својства: Молекули органских пигмената обично су састављени од сложених структура које садрже угљеник, а њихова боја је одређена хемијском структуром органског једињења. Молекули неорганских пигмената обично су састављени од неорганских елемената, а њихова боја је одређена својствима и структуром елемената.
Стабилност: Неоргански пигменти су генерално стабилнији од органских и отпорнији на светлост, киселину, алкалије и топлоту. Органски пигменти се могу разбити или променити боју под одређеним условима. Распон боја: Због разлика у њиховој хемијској структури, органски пигменти генерално имају шири распон боја, омогућавајући живописније боје. Неоргански пигменти имају релативно узак распон боја. Поља примене: Органски пигменти су погодни за боје, боје, пластику, папир и друга поља. Неоргански пигменти се широко користе у керамици, стаклу, пигментима, премазима и другим пољима.

Треба напоменути да и органски и неоргански пигменти имају своје предности и карактеристике, а избор пигмента који ће се користити зависи од специфичних потреба примене и жељеног ефекта.